Ein Bauprojekt setzt stets eine Baubewilligung voraus. Für bauliche Bodenbeanspruchungen auf einer Fläche grösser als 1'500 Quadratmetern ist unabhängig der Bodenqualität ein Bodenschutzkonzept auszuarbeiten (siehe Bodenschutz beim Bauen). Sind zudem mehr als 500 Quadratmeter FFF betroffen (vgl. Feststellung), sind nachfolgende Verfahrensschritte zu beachten.
Im Baubewilligungsverfahren gibt es die Möglichkeit einer freiwilligen, aber empfohlenen Vorabklärung. Die Verfahren erfolgen gemäss den Prozessbeschreibungen Vorabklärung und Ordentliches Baubewilligungsverfahren. In deren Rahmen ist neben der Zulässigkeitsprüfung ein FFF-Kompensationsprojekt auszuarbeiten. Fehlen diese Unterlagen, ist zum Stand der freiwilligen Vorabklärung keine Beurteilung bezüglich FFF möglich. Spätestens für das ordentliche Baubewilligungsverfahren sind diese Unterlagen zwingend erforderlich.
Die Kompensationsform Auszonung liegt idealerweise vor der Erteilung der Baubewilligung vor oder wird mit dieser koordiniert genehmigt. In begründeten Ausnahmefällen kann sie auch später, aber spätestens zwei Jahre nach der Erteilung der Baubewilligung, jedoch vor Erteilung der Baufreigabe erfolgen. Dazu muss eine positiv beurteilte Vorprüfung bereits vorliegen. Ansonsten sind die gleichen Vorgaben wie bei Einzonungen zu beachten.
Bei Bodenverbesserungen ist für die freiwillige Vorabklärung ein Vorprojekt auszuarbeiten. Ansonsten sind die gleichen Vorgaben wie bei Einzonungen zu beachten.
Beim Einkauf in eine Kompensationsmassnahme Dritter ist spätestens im ordentlichen Baubewilligungsverfahren eine verbindliche Reservationsbestätigung einzureichen.